Vom „langen Nikolaus“ sprechen die Greifswalder, wenn sie den Dom der Stadt meinen. Als höchste Kirche der Stadt gehört er in Norddeutschland zu den eindrucksvollsten Sakralbauten. Erstmals im Jahr 1262 urkundlich erwähnt, wurde er 1456 zum Dom geweiht. Zwischen 1824 und 1832 erhielt er durch einen Schüler Karl Friedrich Schinkels, dem Architekten und Maler Gottlieb Griese, seine romanisch-neogotische Inneneinrichtung, die sich bis zum heutigen Tag erhalten hat. Ein herrlicher Panorama-Rundblick über den Greifswalder Bodden und die ihn umgebenden Wiesen und Wälder erwartete den Besucher, der die zur Aussichtsgalerie führenden Stufen, 264 sind es an der Zahl, hinauf gestiegen ist.
Die kleinste der drei aus der Zeit der Gotik stammenden Hauptkirchen Greifswalds ist St. Jacobi, von den Bürgern gerne auch als „Der kleine Jakob“ bezeichnet. Als zweischiffige Hallenkirche in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts erbaut, wurde sie schon im 14. Jahrhundert zu einer dreischiffigen Kirche umgebaut. Viele der Einrichtungsgegenstände gingen in ihrer wechselvollen Geschichte, so diente sie zur Zeit der Besetzung durch napoleonische Truppen als Feldbäckerei, verloren. Erhalten blieben bis heute ein Taufstein aus Granit, entstanden in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts und ein gotischer Abendmahlskelch, die heute als wertvollstes Inventar gelten.
Der dreistöckige Turm St. Jacobis besaß bis zu einem Brand am 31. März 1955 einen Fachwerkaufsatz, der gemeinsam mit dem Dach ein Opfer der Flammen wurde. 1965 wurde das Turmdach wieder aufgebaut, allerdings ohne den Fachwerkaufsatz.
Sprechen die Greifswalder von ihrer „Dicken Marie“, so meinen sie damit die älteste der drei großen Stadtkirchen. Als dreischiffige Hallenkirche ohne Chor wurde sie im 13. Jahrhundert errichtet. Mit ihren 67 Metern Länge und einem dreistöckigen Turm ist sie ein beeindruckender Backsteinbau. Seit 1702 findet sich am Eingang des Kirchenschiffs ein Gedenkstein, der an den 1462 ermordeten Universitätsgründer und Bürgermeister Heinrich Rubenow erinnert.
In den Jahren 1807 – 1810 zur Zeit der französischen Besetzung der Stadt ging die Einrichtung der Kirche fast völlig verloren. Heute ist die sehenswerte, vom Rostocker Kunsttischler Mekelenborg angefertigte Kanzel aus dem Jahr 1587 das wertvollste historische Inventar St. Mariens.